2013年 中国科学院杰出科技成就奖（集体奖）
2008年 高鸿钧研究员荣获全球华人物理学会“亚洲成就奖(ROBERT T. POE PRIZE)”
2002年 高鸿钧研究员获中国真空学会真空科学成就奖

2014年 院长奖学金优秀奖:李林飞（导师：高鸿钧）
2012年 2人获所长奖学金优秀奖：李更 潘理达
2011年 2人获所长奖学金优秀奖：周海涛 刘立巍
2010年 2人获所长奖学金优秀奖：毛金海 姜宇航
2009年 3人获所长奖学金优秀奖：惠超 胡昊 潘毅
2007年 中国真空学会优秀博士论文奖 林晓
2007年 2人获所长奖学金优秀奖：蔡金明 田继发
2006年 王业亮获“2006年全国优秀博士学位论文”提名
2006年 2人获所长奖学金优秀奖：贺晓波 杨天中
2005年 王业亮 2005年度中国科学院优秀博士学位论文
2005年 2人获所长奖学金优秀奖：林 晓 高 利
2003年 1人获所长奖学金优秀奖：杨海涛
2002年 1人获所长奖学金优秀奖：杨海涛

2012年 多人获所长奖学金表彰奖：徐文焱 邹强 姜丽丽等
2011年 多人获所长奖学金表彰奖：黄立 张理智 孟蕾等
2010年 多人获所长奖学金表彰奖：田园 黄立 周海涛等
2009年 多人获所长奖学金表彰奖：张余洋 连季春 路红亮 等
2008年 3人获所长奖学金表彰奖：杨冰 张海刚 路红亮
2007年 4人获所长奖学金表彰奖：孙家涛 刘奇 江楠 鲍丽宏
2006年 4人获所长奖学金表彰奖：蔡金明 郭伟 邓智滔 田继发
2005年 4人获所长奖学金表彰奖：肖从文 秦志辉 马海峰 贺晓波
2004年 3人获所长奖学金表彰奖：刘飞 林晓 高利
2003年 2人获所长奖学金表彰奖：王业亮 林晓
2002年 1人获所长奖学金表彰奖：郭海明